使用pyradiomics提取影像组学特征【详细】
最近由于项目需求要使用pyradiomics提取影像组学特征,网上阅读了很多别人的博客,学到一些,然后去查看了pyradiomics的官方文档,最后自己实现了特征的提取,写下此文记录,方便日后查看。
首先放上官方文档:https://pyradiomics.readthedocs.io/
和pyradiomics源代码地址:https://github.com/AIM-Harvard/pyradiomics
第一步、安装
在已经安装好的Python环境下,执行:
pip install pyradiomics
第二步、提取特征
通过自定义提取特征可以根据自己的需求来设置并提取。
- 首先,可以 指定用于提取特征的图像类型。在pyradiomics包中为我们提供了许多可以使用的滤波器,所以我们可以使用原始图像及经过各种滤波器之后的图像,如下方表格,具体可以参考官方:图像类型